31분만에 PCR 완성하는 Protocols & Tips!

Fast PCR protocol은 PCR 작동 시간을 단축시켜, 연구원분들의 시간을 절약해주고 처리율을 최대화합니다.

 

이번 포스팅에서는 일반 thermal cycler의 설정을 변경하고 VWR Taq DNA Polymerase를 사용하여, PCR을 31분만에 완성하는 protocol을 공개합니다. 그 외 PCR 작동 시간을 줄일 수 있는 tip도 공유합니다. 

 

PCR cycler 설정을 변경하여 PCR 작동 시간 1시간 단축하기

Taq DNA Polymerase가 60˚C에서도 높은 활성을 가지기 때문에 이를 이용하면 ​Extension과 Annealing 단계가 60˚C로 합쳐져, 두 단계의 PCR protocol을 사용할 수 있게 됩니다. 세 단계의 일반 PCR 프로토콜 (P1)에서 두 단계의 PCR 프로토콜 (P2)를 사용함으로써, PCR 작동 시간은 90분에서 55분으로 단축되었습니다.

두 단계의 PCR 프로토콜은 아래 PCR 프로토콜 P3에서 확인할 수 있는 것처럼 사이클러 설정을 변경하여 더욱 최적화되었으며, 이를 통해 31분 내로 PCR을 완료할 수 있게 되었습니다. Extension 및 deanturation 단계에서 홀드 시간은 2초로 단축되었으며, denaturation 온도는 92˚C로 줄어들었습니다. 

 

P1: 3-step
90 minutes
Step
Initial heating	95°C, 3 min
Denaturation	95°C, 30 s
Annealing	60°C, 30 s
Extension	72°C, 30 s
No. of cycles	30
Final extension	72°C, 5 min

P2: 2-step
55 minutes
Step
Initial heating	95°C, 1 min
Denaturation	95°C, 20 s
Annealing	60°C, 30 s
Extension	72°C, 30 s
No. of cycles	30
Final extension	72°C, 1 min

P3: 2-step optimised
31 minutes
Step
Initial heating	98°C, 40 s
Denaturation	92°C, 2 s
Extension	60°C, 2 s
No. of cycles	30
Final extension	72°C, 20 s

그외 PCR 시간 단축하는 Tips!

1. Fast ramping PCR 기술 적용하기

표준 PCR 기기의 평균 ramping 속도는 일반적으로 2˚C/s인 반면, fast ramping PCR 기기는 4~5˚C/입니다. Fast ramping PCR 기기와 Fast PCR 프로토콜을 적용한 결과 6분을 단축하여 총 PCR 작동 시간을 25분으로 줄였습니다.

 

2. Annealing 온도 증가하기

Annealing/extension 및 denaturation 단계 간의 온도차를 줄였을 때 ramping 시간이 줄어듭니다. 따라서, PCR 프로토콜 P3의 annealing/extension 온도는 60˚C에서 시작하여 2˚C씩 증가하였습니다. PCR 작동 시간은 5 분으로 단축되었으며, 허용 가능한 수율의 PCR 산물은 최대 66˚C에서 얻어졌습니다.

 

3. PCR 사이클 수 줄이기

Fast PCR protocol P3을 적용하였을 때 30, 29, 28 및 27 사이클에서 우수한 증폭 결과를 얻을 수 있었습니다. 30 대신 27 사이클로 PCR 프로토콜 P3을 적용하였을때 PCR 작동 시간이 4분 줄어들었으며, 27분 내로 PCR을 끝낼 수 있었습니다.

 

VWR Taq DNA Polymerase 및 표준 PCR 사이클러를 사용하였을 때, 3단계 프로토콜에서 최적화된 2 단계 PCR 프로토콜로 변경하고 각 PCR 사이클링 단계에서 시간 설정을 최소화함으로써 PCR 작동 시간은 90분에서 31분으로 단축할 수 있었습니다. 그외 약 3~6분정도는 1) fast ramping 기술을 갖춘 PCR 기기 사용, 2) annealing 온도 증가 및 3) PCR 사이클 수 감소에 의해 단축될 수 있었습니다. 더 자세한 내용은 첨부파일을 확인해주세요. 

 

 

 

아반토코리아는 Taq DNA Polymerase 및 thermal cycler와 같은 PCR에 필요한 모든 제품을 제공합니다.

더 많은 관련 제품 정보가 필요하시다면 당사 웹사이트를 방문해주세요.